Smart-Seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript)是一項具里程碑意義的技術。細胞被裂解后,將RNA與包含oligo(dT)的引物雜交。然后添加幾個無模板的C核苷酸,生成第一條鏈。這種poly(C)垂懸只添加到全長轉錄本上。然后將寡核苷酸引物與poly(C)突出雜交,合成第二條鏈。全長cDNA經(jīng)過PCR擴增,以獲得納克級的DNA。PCR產(chǎn)物純化后可用于測序。在后來又有學者對該技術進行改進,新方案使用鎖核酸(LNA)、更高濃度的MgCl2以及甜菜堿。它不再需要純化步驟,可大大提高產(chǎn)量。 Smart-seq相比較于10×genomics檢測到的轉錄本更多,但是不足在于測序reads無法實現(xiàn)鏈特異性,同時由于對聚腺苷酸化的RNA具有選擇性,因此不適用于分析非poly(A)的RNA。